Pada paruh pertama musim 2012/2013, hubungan Villa dengan Messi sempat disebut memburuk. Hal ini terjadi karena kedua pemain itu pernah terlihat berselisih di tengah lapangan. Akibat kejadian itu, Villa sempat dikabarkan akan dikorbankan dan dilego.
Rupanya meski dulu sempat berselisih, hubungan Messi dan Villa sudah kembali harmonis. Villa menilai perselisihannya dengan Messi waktu itu sebagai hal yang wajar dalam pertandingan sepakbola karena mereka sama-sama ingin memberikan penampilan terbaik.
"Saya memiliki hubungan yang baik dengan Messi. Kami sudah melewati semua bentrokan lisan. Beberapa hal yang telah terjadi normal untuk pertandingan sepakbola. Orang-orang cenderung melihat kami dengan kaca pembesar," ujar Villa.
Villa juga menegaskan saat ini bahagia bersama Barca walau santer dikabarkan akan pindah akhir musim nanti dimana Arsenal diketahui sangat berminat kepadanya.
"Saya betah saat ini. Saya memiliki kontrak dan baik klub dan suporter mengakui kerja saya. Akan ada waktu untuk berbicara mengenai transfer di musim panas," tegas Villa.